Có thể nói nhiều năm qua, người nuôi cá tra ở Đồng bằng sông Cửu Long luôn trong tình trạng thua lỗ, nợ vốn ngân hàng, nợ tiền vật tư. Phần lớn người nuôi cá tra ở Đồng bằng sông Cửu Long thường không theo quy chuẩn, tiêu chuẩn, dẫn đến tỷ lệ hao hụt trong quá trình nuôi cao (trên 50%). Các hộ nuôi sử dụng thuốc kháng sinh tràn lan, nguồn nước nuôi ô nhiễm nghiêm trọng dẫn đến dịch bệnh kéo dài, khó kiểm soát. Các doanh nghiệp chế biến xuất khẩu cá tra thường làm theo đơn đặt hàng. Tỷ lệ hàng bị trả về hoặc “bán tháo” thường cao. Nhiều doanh nghiệp không có vùng nguyên liệu cũng tham gia làm hàng xuất khẩu. Bởi vậy, việc tranh mua, tranh bán trong vùng nguyên liệu diễn biến phức tạp. Khi giá xuất khẩu xuống thấp, doanh nghiệp "bỏ chạy", người nuôi lâm vào cảnh không bán được cá, dẫn đến thua lỗ kéo dài. Nhiều nông hộ ở Cần Thơ, An Giang, Đồng Tháp... phải phá sản, treo ao.