Theo đó, các đơn vị được giao nhiệm vụ là Tổng cục Thủy sản, Cục Thú y, Cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản (NAFIQAD), Vụ Hợp tác quốc tế, Vụ Pháp chế, Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ Tài Chính.
Cụ thể, đối với Tổng cục Thủy sản: Chủ trì thu thập, tổng hợp, biên dịch, biên soạn, in ấn tài liệu tuyên truyền, phổ biến, hướng dẫn thực hiện Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng; khung pháp lý và các công cụ quốc tế, khu vực có liên quan. Chủ trì tổ chức thực hiện các chương trình truyền thông, giới thiệu Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng; khung pháp lý và các công cụ quốc tế, khu vực có liên quan; các quy định về chống khai thác IUU trên các phương tiện thông tin đại chúng và hệ thống thông tin cơ sở. Chủ trì tổ chức tập huấn, tuyên truyền, phổ biến cho cộng đồng ngư dân ven biển, doanh nghiệp và các tổ chức, cá nhân có liên quan về: thủ tục xin vào cảng, vào cảng, sử dụng cảng và quy trình kiểm tra, thủ tục kiểm tra tàu tại cảng; Hiệp định An toàn tàu cá (Hiệp định Cape Town-CTA 2012); điều kiện sống, làm việc của thuyền viên trên tàu theo quy định của Tổ chức Lao động thế giới (ILO).
Chủ trì xác định nhu cầu đào tạo, tập huấn; tổ chức đào tạo, tập huấn nâng cao năng lực cho đội ngũ thanh tra viên tại cảng, cán bộ thanh tra, tổ chức quản lý cảng và các tổ chức, cá nhân có liên quan về: chỉ định cảng, thủ tục vào cảng, sử dụng cảng, từ chối cho cập cảng; quy trình kiểm tra, thủ tục kiểm tra, báo cáo kết quả thanh kiểm tra, thẩm định dữ liệu thanh kiểm tra, thông báo, báo cáo, chia sẻ thông tin và hợp tác quốc tế, tranh chấp, giải quyết tranh chấp theo quy định của Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng. Chủ trì tổ chức hội thảo với các bên liên quan để trao đổi, chia sẻ thông tin, kinh nghiệm, đánh giá hiệu quả, hiệu lực thực thi Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng tác động đến phòng ngừa, ngăn chặn, giảm thiểu và loại bỏ khai thác IUU. Chủ trì, phối hợp với Cục Thú y và các cơ quan chức năng thuộc Bộ Giao thông vận tải rà soát, chỉ định và công bố danh sách cảng chỉ định cho tàu đánh bắt thủy sản, tàu vận chuyển, chuyển tải thủy sản, sản phẩm thủy sản có nguồn gốc từ khai thác của nước ngoài cập cảng để thực hiện hoạt động nhập khẩu, tạm nhập, tái xuất, chuyển khẩu, quá cảnh thủy sản, sản phẩm thủy sản có nguồn gốc từ khai thác qua lãnh thổ Việt Nam và thông báo danh sách cảng được chỉ định cho Tổ chức Lương thực và Nông nghiệp Liên Hiệp Quốc (FAO).
Chủ trì, phối hợp với các cơ quan, đơn vị có liên quan xây dựng quy chế phối hợp giữa Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn với các bộ, ngành và cơ quan liên quan để tổ chức thực hiện Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng. Chủ trì rà soát, hoàn thiện quy trình thanh tra, kiểm tra tàu đánh bắt thủy sản, tàu vận chuyển, chuyển tải thủy sản, sản phẩm thủy sản có nguồn gốc từ khai thác của nước ngoài cập cảng Việt Nam. Chủ trì xây dựng hệ thống phần mềm theo dõi, kiểm tra, giám sát (MCS) từ trung ương đến địa phương để thực thi Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng và các biện pháp liên quan đến trách nhiệm của quốc gia treo cờ, quốc gia ven biển và quốc gia tham gia vào thương mại quốc tế. Chủ trì thiết lập cơ chế báo cáo, trao đổi, chia sẻ thông tin từ trung ương đến địa phương để thực thi Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng và các biện pháp liên quan đến trách nhiệm của quốc gia treo cờ, quốc gia ven biển và quốc gia tham gia vào thương mại quốc tế.
Phối hợp với Cục Thú y: Rà soát, đánh giá hiện trạng các nguồn lực tại cảng đảm bảo thực thi hiệu lực, hiệu quả Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng; khung pháp lý và các công cụ quốc tế và khu vực có liên quan; Tổ chức triển khai thực thi có hiệu quả các quy định về thanh tra, kiểm tra tàu, quy trình, thủ tục kiểm tra, kiểm soát hoạt động nhập khẩu, tạm nhập, tái xuất, tạm xuất tái nhập, chuyển khẩu, quá cảnh thủy sản, sản phẩm thủy sản có nguồn gốc từ khai thác qua lãnh thổ Việt Nam tại cảng chỉ định. Đầu mối phối hợp với cơ quan chức năng thuộc Bộ Giao thông vận tải rà soát, hoàn thiện quy trình cho tàu nước ngoài vào cảng biển Việt Nam để sử dụng các dịch vụ cảng, bốc dỡ sản phẩm, vận chuyển, chuyển tải thủy sản, sản phẩm thủy sản có nguồn gốc từ khai thác. Định kỳ trước ngày 20 tháng 12 hàng năm, trên cơ sở báo cáo của các bộ, ngành, cơ quan có liên quan, tổng hợp tình hình thực hiện Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng báo cáo Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn báo cáo Thủ tướng Chính phủ và gửi Bộ Ngoại giao, đề xuất xử lý các khó khăn, vướng mắc, sửa đổi, bổ sung khung pháp lý có liên quan (nếu có).
Đối với Cục Thú y: Chủ trì xây dựng thủ tục hành chính trên cổng thông tin một cửa Quốc gia về nhập khẩu, tạm nhập, tái xuất, chuyển khẩu, quá cảnh thủy sản, sản phẩm thủy sản có nguồn gốc từ khai thác qua lãnh thổ Việt Nam. Chủ trì và phối hợp với Tổng cục Thủy sản: Rà soát, đánh giá hiện trạng các nguồn lực cảng đảm bảo thực thi hiệu lực, hiệu quả Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng; khung pháp lý và các công cụ quốc tế và khu vực có liên quan; Tổ chức triển khai thực thi có hiệu lực, hiệu quả các quy định về thanh tra, kiểm tra tàu, quy trình, thủ tục kiểm tra, kiểm soát hoạt động nhập khẩu, tạm nhập, tái xuất, tạm xuất tái nhập, chuyển khẩu, quá cảnh thủy sản, sản phẩm thủy sản có nguồn gốc từ khai thác qua lãnh thổ Việt Nam tại cảng chỉ định.
Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản: Chủ trì thực hiện xác nhận cam kết/ chứng nhận sản phẩm thủy sản được chế biến từ nguyên liệu thủy sản khai thác nhập khẩu không có nguồn gốc từ khai thác thủy sản bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định theo yêu cầu của tổ chức nghề cá khu vực hoặc nước nhập khẩu. Phối hợp tổ chức thanh tra, kiểm tra tại cảng theo quy định của Hiệp định Biện pháp quốc gia có cảng đối với tàu đánh bắt thủy sản, tàu vận chuyển, chuyển tải thủy sản, sản phẩm thủy sản có nguồn gốc từ khai thác của nước ngoài cập cảng để nhập khẩu, tạm nhập, tái xuất, tạm xuất tái nhập, chuyển khẩu, quá cảnh thủy sản, sản phẩm thủy sản qua lãnh thổ Việt Nam.
Vụ Hợp tác quốc tế: Chủ trì thu thập, biên dịch tài liệu về Hiệp định Biện pháp quốc gia có cảng; khung pháp lý và các công cụ quốc tế, khu vực có liên quan gửi Tổng cục Thủy sản để tổng hợp, biên soạn, in ấn tài liệu tuyên truyền. Chủ trì thiết lập cơ chế hợp tác, trao đổi, chia sẻ thông tin, giải quyết tranh chấp với các nước, tổ chức quốc tế, tổ chức quản lý nghề cá khu vực để thực thi Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng và các biện pháp liên quan đến trách nhiệm của quốc gia treo cờ, quốc gia ven biển và quốc gia tham gia vào thương mại quốc tế. Đầu mối, cùng với Vụ Pháp chế phối hợp với Bộ Ngoại giao và các cơ quan liên quan giải quyết tranh chấp giữa Việt Nam với các quốc gia và vùng lãnh thổ, các tổ chức quốc tế và khu vực trong việc thực thi Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng phù hợp với khung pháp lý và các công cụ quốc tế, khu vực có liên quan.
Vụ Pháp chế: Đầu mối, cùng với Vụ Hợp tác quốc tế phối hợp với Bộ Giao thông vận tải và các cơ quan liên quan rà soát, xây dựng, hoàn thiện khung pháp lý, chính sách đảm bảo tuân thủ Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng về: chỉ định cảng, xin phép trước khi vào cảng, vào cảng, sử dụng cảng, các điều kiện bất khả kháng; quy trình kiểm tra, thủ tục kiểm tra, báo cáo kết quả thanh kiểm tra, đào tạo thanh kiểm tra viên; thông báo, báo cáo, chia sẻ thông tin và hợp tác quốc tế; tranh chấp, giải quyết tranh chấp.
Vụ Tổ chức cán bộ: Vụ Tổ chức cán bộ phối hợp với Tổng cục Thủy sản và các cơ quan có liên quan tổ chức thực hiện công tác đào tạo, tập huấn nâng cao năng lực đội ngũ theo kế hoạch được Bộ phê duyệt; theo dõi, tổng hợp tình hình, kết quả thực hiện nhiệm vụ của các cơ quan, đơn vị được phân giao để kịp thời báo cáo Bộ điều chỉnh, bổ sung phù hợp yêu cầu nhiệm vụ.
Đối với Vụ Tài chính: Tổng hợp kế hoạch kinh phí triển khai thực hiện Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng từ các cơ quan, đơn vị thuộc Bộ trong kế hoạch kinh phí chung của Bộ hàng năm. Trên cơ sở tổng nguồn kinh phí được nhà nước giao, tham mưu trình Bộ phân bổ cho các cơ quan, đơn vị thuộc Bộ và phê duyệt kế hoạch kinh phí cho các cơ quan đơn vị để đảm bảo thực hiện có hiệu quả Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng.
Bộ trưởng Nông nghiệp và PTNT cũng đề nghị Thủ trưởng các cơ quan chủ động bố trí nguồn lực, tổ chức thực hiện nhiệm vụ được giao, định kỳ báo cáo tiến độ và kết quả thực hiện về Tổng cục Thủy sản trước ngày 20 hàng tháng (hoặc đột xuất khi có yêu cầu) để tổng hợp, báo cáo Bộ trưởng.
Thu Hiền