Theo Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự số 99/2015/QH13 ngày 26/11/2015 (có hiệu lực từ ngày 01/7/2016), Kiểm ngư là một trong 07 cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra. Trong đó, cơ quan Kiểm ngư bao gồm: Cục Kiểm ngư, Chi cục Kiểm ngư Vùng là tổ chức được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra. Nhiệm vụ cụ thể: Cơ quan Kiểm ngư khi thực hiện nhiệm vụ trong lĩnh vực quản lý của mình mà phát hiện tội phạm quy định tại các điều 111, 242, 244, 245, 246, 305 và 311 của Bộ luật hình sự xảy ra trên các vùng biển và thềm lục địa của nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam do Kiểm ngư quản lý.