Nhà nước Đại Việt thời chúa Nguyễn: Chứng cứ lịch sử có giá trị pháp lý chứng minh việc chiếm hữu và thực thi chủ quyền của Việt Nam đối với quần đảo Hoàng Sa và quần đảo Trường Sa, đó là sự ra đời và hoạt động thường xuyên, liên tục của đội Hoàng Sa, một tổ chức do nhà nước lập ra để quản lý, bảo vệ, khai thác hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa. Đội Hoàng Sa, về sau lập thêm đội Bắc Hải do đội Hoàng Sa kiêm quản, đã hoạt động theo lệnh của 7 đời chúa, từ chúa Nguyễn Phúc Lan hay Nguyễn Phúc Tần cho đến khi phong trào Tây Sơn nổi dậy.
Nhà nước Đại Việt từ thời Tây Sơn: Trong thời gian từ 1771 đến năm 1801, gần như lúc nào cũng có chiến tranh, trên đất liền cũng như ngoài Biển Đông. Tuy nhiên, các lực lượng của chúa Nguyễn, chúa Trịnh, Tây Sơn đã làm chủ được từng khu vực lãnh thổ thuộc phạm vi quản lý của mình.
Từ năm 1773, Tây Sơn chiếm được cảng Quy Nhơn, tiến về phía Quảng Nam, kiểm soát đến Bình Sơn, Quảng Ngãi, nơi có cửa biển Sa Kỳ và Cù Lao Ré, căn cứ xuất phát của đội Hoàng Sa.
Năm 1775, Phường Cù Lao Ré thuộc xã An Vĩnh, huyện BìnhSơn, Quảng Ngãi, đã nộp đơn xin cho phép đội Hoàng Sa và đội Quế Hương hoạt động trở lại theo thông lệ.
Năm 1778, Nguyễn Nhạc xưng Hoàng đế, chính quyền Tây Sơn được củng cố một cách hoàn chỉnh và năm 1786, đã ra quyết định sai phái Hội Đức hầu, cai đội Hoàng Sa, chỉ huy 4 chiếc thuyền câu vượt biển ra Hoàng Sa làm nhiệm vụ như cũ. Ngoài ra còn có các đội Quế Hương, Đại Mạo, Hải Ba cũng được giao nhiệm vụ hoaoatj động trong Biển Đông.
Nhà nước Việt Nam thời nhà Nguyễn tiếp tục sử dụng đội Hoàng Sa, đội Bắc Hải làm nhiệm vụ khai thác và bảo vệ hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa: Nguyễn Ánh đánh bại Tây Sơn, thống nhất đất nước, tuy bận việc nội trị, vẫn tiếp tục quan tâm đến việc bả vệ, quản lý và khai thác khu vực hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa.
Tháng 7 năm 1803, vua Gia Long cho lập lại đội Hoàng Sa: Lấy cai cơ Võ Văn Phú làm thủ ngự cửa biển Sa Kỳ, sai mộ dân ngoại tịch làm đội Hoàng Sa (theo Đại Nam thực lục chính biên, đệ nhất kỷ, quyển 12).
Tháng giêng năm Ất Hợi (1815) vua Gia Long quyết định: “sai bọn Phạm Quang Ảnh thuộc đội Hoàng Sa ra Hoàng Sa xem xét đo đạc thủy trình… (theo Đại Nam thực lục chính biên, đệ nhất kỷ, q.50, tờ 6a).
Sau đời Minh Mạng, việc đo đạc thủy trình chủ yếu giao cho thủy quân thực hiện.
Năm 1833, 1834, 1836, Minh Mạng đã chỉ thị cho Bộ Công phái người ra Hoàng Sa để dựng bia chủ quyền, đo đạc thủy trình, vẽ bản đồ… mỗi thuyền vãng thám Hoàng Sa phải đem theo 10 tấm bài gỗ dài 4, 5 thước, rộng 5 tấc, “Vua Minh Mạng đã chuẩn y lời tâu của Bộ Công sai suất đội thủy quân Phạm Hữu Nhật đưa binh thuyền đi, đem theo 10 cái bài gỗ dựng làm dấu mốc…”
Như vậy, suốt từ thời chúa Nguyễn đến thời nhà Nguyễn, đội Hoàng Sa, kiêm quản đội Bắc Hải, đã đi làm nhiệm vụ quản lý nhà nước đối với quần đảo Hoàng Sa và quần đảo Trường Sa. Những hoạt động này đã được các văn bản nhà nước ghi nhận, như: châu bản của triều đình nhà Nguyễn, các văn bản của chính quyền địa phương như tờ lệnh, tờ tư, bằng cấp… hiện đang được lưu trữ tại các Cơ quan lưu trữ nhà nước.
Trong giai đoạn lịch sử này, có một chứng cứ hết sức quan trọng không thể không đề cập đến khi chững minh nhà nước phong kiến Việt Nam đã quản lý thật sự, hiệu quả đối với hai quần đảo này. Đó là việc tổ chức đơn vị hành chính của Hoàng Sa trong hệ thống tổ chức hành chính của nhà nước lúc bấy giờ,. Thời chúa Nguyễn, Hoàng Sa thuộc Thừa tuyên Quảng Nam hay Quảng Nghĩa (Ngãi), lúc là phủ khi thì trấn: “Bãi Cát vàng trong phủ Quảng Nghĩa” (Toản tập Thiên nam tứ chí lộ đồ thư); “Hoàng Sa ở phủ Quảng Nghĩa(thuộc dinh Quảng Nam, huyện Bình Sơn, xã An Vĩnh)” (Phủ biên tạp lục của Lê Quý Đôn); sang thời Tây Sơn đổi thành phủ Hòa Nghĩa. Thời nhà Nguyễn, Hoàng Sa thuộc tỉnh Quảng Ngãi.
Nguyễn Quang Thịnh